- SHPF : manuscrits et imprimés de textes fondateurs de la réforme francophone et européenne, controverses religieuses, sermons et catéchismes 16e-18e siècle
- Bibliothèque de l’IPT Paris : théologie dogmatique, théologie protestante, histoire de la théologie, science et théologie, théologie pratique (homilétique, liturgique, pastorat, catéchétique)
- Bibliothèque du DEFAP : Théologie Afrique, Amérique du sud, Asie, Océanie ; Théologie de la mission
- Centre mennonite : Théologie anabaptiste-mennonite, théologie de la paix et de la non-violence, spiritualité et liturgie
- IBN : théologie évangélique :doctrines, missiologie, spiritualité, ecclésiologie, apologétique, recueils de cantiques et de sermons (19e-21e) ; histoire de la théologie ; catéchismes ; éducation religieuse
- FLTE : théologie évangélique :doctrines, missiologie, spiritualité, ecclésiologie, apologétique, recueils de cantiques et de sermons (17e-21e) ; histoire de la théologie ; catéchismes ; éducation religieuse
Bibliothèques protestantes et associées